· 检测范围
· 单核苷酸变异(SNV)
· 插入缺失(ins/del)
· 结构变异(SV)
NGS也称为大量并行测序(MPS)或高通量测序技术(HTS),允许短时间内同时检测大量核苷酸。
特点:低成本、高准确度、高通量,目前最常用的基因检测手段之一。
临床进行 NGS 时,可根据实际需要而使用包含不同数量基因的组套。目前基因检测最常见应用包括:
·疾病诊断
·预后分层
·靶点和生物标志物检测
·化疗药物敏感性检测
·遗传易感性检测
·MRD监测
分子学检测
PML::RARα、RUNX1::RUNX1T1、CBFβ::MYH11、KMT2A重排、BCR::ABL1、C-KIT、FLT3-ITD、NPM1、CEBPA、TP53、RUNX1、ASXL1、BCOR、EZH2、SF3B1、SRSF2、STAG2、U2AF1、ZRSR2、IDH1、IDH2、DNMT3a基因突变,这些检查是AML分型、危险度分层及指导治疗方案的基础(证据等级1a)。
对于有CEBPA、RUNX1、DDX41、GATA2等基因突变的患者,建议进行同一基因的胚系突变检查以除外胚系易感急性髓系白血病(AML)
MRD (minimal residual disease)即“微小残留病灶”,概念源自于血液肿瘤,是指通过化疗或骨髓移植治疗之后残留在患者体内的白血病细胞。
残留的少量癌细胞暂时不会引起任何体征或症状,但它们可能导致未来肿瘤的进展或复发转移。
▲阶段治疗结束后,进行 MRD 检测可以评估治疗效果,指导下一步治疗方案的选择和调整
▲在维持治疗期或随访期定期进行 MRD 检测,可以在传统的临床或影像学方法检测到复发之前检测到分子复发,提供提前干预机会
▲灵敏度越高越能反映真实的 MRD 水平
▲「淋巴瘤诊疗指南(2022 年版)」中建议:诱导治疗达到完全缓解(CR)的淋巴母细胞淋巴瘤患者需进一步检测 MRD,如果 MRD 阳性则推荐异基因造血干细胞移植(allo-HSCT),MRD 阴性则推荐维持治疗或对高危患者进行 allo-HSCT。
▲MRD 结果可作为评估癌症患者危险度分层的影响因素之一。
▲ MRD联合癌基因突变可以改善T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)预测,二者结合确定了一个显著的低复发风险的患者亚组。
▲癌基因低风险(gLoR)且 MRD<10-4 的患者复发率最低,无进展生存期(PFS)最长。
▲MRD 阴性患者相较于 MRD 阳性患者的复发风险更低,生存期更长,预后更好。
▲CAR-T 治疗后 3 个月 MRD 阴性患者(绿色)的无事件生存期(EFS)(图 E)与总生存期(OS)(图 F)明显优于阳性患者(蓝色)。
▲临床医生可根据患者病情变化和治疗情况决定MRD 检测时机和频率 。
▲参考各诊疗指南中关于 MRD 检测时机的建议
▲一般是各个治疗阶段结束后进行 MRD 检测,维持治疗期和随访期间根据疾病缓解情况制定 MRD 监测方案
▲若连续多次结果为阴性,检测间隔时间可逐渐延长
目前主流的 MRD 检测方法:
•多参数流式(MFC)、二代流式(NGF)
•实时定量 PCR(ASO-PCR)、二代测序(基因突变、免疫组IG/TCR)
•PET-CT 等影像学检查等
▲基因重排:淋系血液肿瘤患者是 T/B 淋巴细胞发生癌变而导致,当 T/B 淋巴细胞发生癌变时,会大量复制增殖。而其表面的生物标志物 TCR/BCR 是不发生改变的,通过高通量测序找到这些出现频率很高的癌细胞受体 VDJ 基因序列,在治疗后对此基因序列进行追踪,查找其克隆情况,得到 MRD 值。
▲基因突变:通过分析 DNA 构象或解链特性,或者利用 DNA 变性和复性等特性,进行 DNA 突变的分析,也就是通过一些基因突变信息来鉴定癌细胞。