本指导原则首次系统界定了“确证性临床研究”的内涵与目标。所谓确证性研究，是指在前期科学依据、非临床证据及探索性研究基础上，系统评价新技术安全性、有效性、适用范围、操作规范、技术可重复性、质量可控性及受益风险比的临床研究。其核心目标是产生足以支撑临床转化应用审批的高质量证据。值得注意的是，原则强调非“一刀切”式分期要求，允许根据技术特点、疾病严重程度及伦理可接受性灵活论证进入确证性研究的合理性，尤其对罕见病、个性化程度高的新技术给予特殊考虑。
在设计要点方面，原则要求：主要终点应优先选择生存、疾病进展、器官功能改善等直接临床结局；确需采用替代终点（如生物标志物）时，须论证其与临床获益的生物学关联。对照设置可采用安慰剂、阳性治疗、标准治疗、历史对照或真实世界外部对照，但使用外部对照时须重点论证人群、时间零点、终点定义及数据质量的可比性，并避免“不死时间偏倚”。随机化与盲法应优先采用，难以实施盲法时须采用终点评价者盲法或独立终点判定委员会。此外，对于基因治疗类技术，要求特别关注载体毒性、插入突变、脱靶风险、免疫原性、病毒排出及生殖影响，并制定长期随访计划（覆盖生存、迟发毒性、肿瘤风险等）。
原则专章规定数据治理要求：研究方案须预先定义源数据、源文件范围，绘制数据流图，明确各关键变量来源于病历系统、检验检查、制备记录或患者报告工具等。鼓励采用电子源数据和审计轨迹系统，确保数据创建、修改、审核、锁定等操作留痕可溯。要求制定质量管理计划，开展独立监查、稽查及关键终点源数据核查。研究全过程文件须完整保存，保存期限应与长期安全性、遗传信息、生殖风险等相适应，并明确权限管理与销毁规则。
