24日,叶挺、项英听取了赖传珠关于军部现有干部的情况和工作布置方案的汇报。25日,在叶挺、项英、张云逸的主持下,新四军军部在“新四军筹备处”召开了第一次会议。参加会议的有拟任参谋处长赖传珠、军需处长叶辅平、军医处长沈其震、组织部部长李子芳、民众运动部副部长余再励、战地服务团团长朱克靖等数十人。会上,叶挺、项英分别报告了组建中的新四军所面临的形势任务、抗战的形势和上海及南京失陷的经过和原因,并部署了当前的工作。会后,“新四军筹备处”结束了它的历史使命,在此挂出了“国民革命军陆军新编第四军”的牌子。
新四军军部成立后,叶挺、项英、张云逸等一方面电召鄂豫皖、鄂湘赣和鄂豫边等部红军和游击队负责人到武汉商谈改编事宜,一方面抓紧落实新四军的改编和组建工作。经多方商量,敲定了新四军的组建方案,并将此方案向中共中央长江局进行了汇报。经过长江局和叶挺、项英、张云逸的反复研究,在坚持共产党对新四军的绝对领导、国民党不派人到新四军的原则下,对新四军的编制做出了让步,即放弃了原来“两师四旅八团”或“两个纵队七个支队”的编制和新四军隶属于八路军的要求,同意江南部队暂归第三战区、江北部队暂归第五战区指挥等,形成了同国民党当局谈判的组建方案。12月27日,项英等致电毛泽东等,就新四军组建方案进行了汇报。毛泽东复电表示同意,并确定了一批干部配备方案。项英按此方案同国民党进行了谈判,并达成了一致。
12月29日,项英再次致电中共中央,就同鄂豫皖等部红军和游击队负责人商谈红军和游击队改编的意见进行了汇报,并对江南其他红军和游击队的集中改编问题提出了自己的意见。1938年1月2日,项英在送走鄂豫皖等部红军和游击队负责人后,于4日率领近60名新四军军部的工作人员从武汉乘坐轮船前往江西九江,再由九江转乘汽车于6日晚到达南昌的新四军首长和参谋处驻地。
1938年1月初,蒋介石以国民政府军事委员会的名义,核准了中共提出的新四军支队以上干部的名单及编制、薪饷等。8日,何应钦核定了新四军组建方案。中共中央长江局将何应钦核定的新四军组建方案和编制情况向毛泽东和中央进行了汇报,并在电报中说:“要叶挺继续向陈诚请求增加经费至少十万以上及发表项英为副军长、张云逸为参谋长、周子昆为副参谋长等委令。陈诚已调回武汉,东线由顾祝同负责,将来新四军行动另与顾商量。”
1938年1月4日,项英等率新四军军部离开武汉后,叶挺继续留在武汉办理同国民党当局交涉增加新四军经费和干部任命等事宜,直到1月下旬才离开武汉前往南昌。1月28日,《新华日报》在头版刊登了陆军新编第四军司令部启事:“本军奉命即行整编出发,军部当即移驻南昌。前汉口大和街廿六(26)号军部即行结束,以后驻汉办事处事宜,委托八路军驻汉办事处钱(之光)处长代办。所有一切公文、信电,请迳投南昌三眼井本军部为荷。”
新四军军部迁往南昌后,在此成立了新四军驻汉办事处(和“八办”一套班子、两块牌子、两处办公),由“八办”钱之光处长兼任主任,负责“国共两党的联系”“接待过往干部和将领”“请领和转运抗战前线军需物资”等工作,直到1938年10月25日武汉沦陷前撤离。