说到空间转录组，你肯定听过，那么空间代谢组你又了解多少呢？ST（空间转录组）+SM（空间代谢组）这对组合属于现在生信发文的“新搭子”，而且是偏高端那种~
但是这两个数据本质不一样。ST是转录计数，SM是代谢物强度，一个偏“离散计数型”，一个偏“连续信号型”，统计分布完全不同，不能简单拼在一起分析，所以需要整合多组学数据的朋友，方法掌握不到位，很容易出问题，云生信-营长愿为大家献计献策~
再说一下创新性，在肿瘤研究里这对组合非常有潜力。因为肿瘤微环境本身就是“转录状态+代谢状态”共同决定的，比如缺氧、脂质代谢重编程、免疫细胞代谢状态改变等等，这种信息是单做ST或单做SM很难完整看到的。目前做的人还不算多，不像普通测序已经卷疯了，竞争小好发，分数还容易冲上去，各位用来做课题特别合适。总的来讲，这对组合就是分析的时候稍微费点劲，但是性价比拉满，如果有相应的公开数据集，想在短时间内冲1区再合适不过了！
下面跟着营长看看今天这篇是怎么结合这两种方法做分析的（对6个组织样本进行ST和SM），此外还整合了79个HCC公共单细胞RNA测序数据集。
一句话概括：通过空间转录组+空间代谢组联合分析，发现微血管侵犯阳性（MVI+）肝癌的肿瘤病灶存在高增殖、甘油脂代谢下调的STMN1⁺HMGN2⁺GPC3⁺恶性细胞亚群，而且肿瘤包膜中的牛磺酸通过抑制iCAFs活性推动肝癌进展。
空转+空间代谢属于操作难但是很值的组合，现在正是做的好时机，等再过两年做的人多了，就成常规套路，创新点就没了。
逻辑思路
1.选取MVI+/-肝癌组织，开展空间转录组+代谢组检测，整合公共单细胞、TCGA等大数据
2.划分肿瘤/包膜等区域，解析空间细胞组成与代谢物分布差异
3.筛选MVI+特异STMN1⁺HMGN2⁺GPC3⁺细胞亚群，明确甘油脂代谢下调特征
4.发现牛磺酸抑制iCAFs促癌，多队列验证标志物预后和靶向潜力
主要结果
对空间转录组数据进行聚类、细胞反卷积与CNV分析，结合病理切片划分肿瘤、包膜、癌旁及过渡区域。MVI+与MVI-肝癌的肿瘤区域细胞组成差异显著，肿瘤包膜区以癌相关成纤维细胞（CAFs）和免疫细胞为主，完成精准空间分区。
开展空间代谢组聚类、代谢物注释与区域代谢差异分析。MVI+肝癌肿瘤区甘油脂类代谢物（甘油三酯TG、二酰甘油DG）显著耗竭，肿瘤包膜区有机酸类物质富集，首次揭示MVI+肝癌的空间代谢重编程特征。
整合单细胞转录组、TCGA数据与空间转录组，筛选MVI+特异肿瘤细胞亚群。鉴定出高增殖的SC_C6/C7肿瘤细胞亚群，特征基因在MVI+肿瘤区高度富集，这个亚群和AFP水平、肿瘤分级正相关，还关联治疗耐药。
筛选MVI+亚群标志基因，构建STMN1⁺HMGN2⁺GPC3⁺三阳分型，经多队列免疫荧光验证。三阳细胞亚群在MVI+肝癌中显著富集，是患者总生存、无病生存的独立不良预后因子，成为MVI+肝癌核心恶性细胞标志物。
分析甘油脂代谢通路活性及关键代谢物（PA、DG、TG）的空间分布。STMN1⁺HMGN2⁺GPC3⁺亚群的甘油脂合成通路显著下调，MVI+肿瘤区PA、DG、TG含量远低于MVI-，这个通路低活性对应更差临床预后。
营长来点评
这篇研究首次在肝癌微血管侵犯（MVI）中实现空间转录组+空间代谢组的整合解析，既找到了STMN1⁺HMGN2⁺GPC3⁺这个驱动复发转移的恶性细胞，又锁定了甘油脂代谢降低、牛磺酸抑制iCAFs这两个关键机制。营长团队非常擅长整合空间转录组+单细胞数据，核心成员均有实战经验，支持个性化的思路复现：空间分区、细胞亚群筛选、代谢重编程验证等全流程分析！口碑过硬、交付透明，有营长在让你快速抢占科研新风口！
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